В Индонезии круглый год жарко и влажно. Благоприятный период для посещения страны — сухой сезон (с мая по октябрь), и особенно месяцы июнь и сентябрь, считающиеся наименее дождливыми и наиболее солнечными. Этот сезон ярко выражен в столице Джакарте, на всем острове Ява, островах Бали, Сулавеси, Флорес.
Менее заметен он на острове Новая Гвинея (индонезийская его часть называется Ириан-Джая). Лучше всего посещать остров Бали в начале, либо в конце сухого сезона (в мае или октябре).
На островах Суматра и Борнео дожди идут круглый год, лишь понижая свою интенсивность в период с июня по сентябрь (Медан, Понтианак). В период с декабря по март, когда дожди особо сильны, следует избегать поездок сюда. На западном и южном побережье Суматры дожди обильнее, чем на северном и восточном.
Море у берегов Индонезии круглый год теплое (+26…+29°С).